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    七問AlphaFold2:一場AI引發的“結構生物學”大討論

    本文作者: 李雨晨 2020-12-07 20:10
    導語:作為DeepMind的核心“王牌”,Alpha系列絕不僅是挑戰圍棋和游戲而生。

    作為DeepMind的核心“王牌”,Alpha系列絕不僅是挑戰圍棋和游戲而生。

    盡管AlphaGo曾在國際象棋、圍棋等項目中取得了超越人類的表現,其研究不僅震驚世界,也兩次登上 Nature。

    但是,正如DeepMind首席執行官Hassabis所言:

    “我們的目標從來就不只是贏得圍棋,而是開發能夠解決蛋白質折疊這類問題的算法。對于我們來說,這真的是一個關鍵時刻。這個項目就像燈塔,這是我們關于人和資源的首次重大投資,用于解決一個根本性的、現實世界的重要問題。

    AlphaFold就是在這樣的背景下誕生,而且從第一天起,就立志挑戰生物學里的最難問題——蛋白質折疊。

    經過整整兩年的,Hassabis這番豪言,如今終于應驗。

    然而,“將會改變一切”的AlphaFold2,現階段畢竟還是一項“競賽成果”,而AI的本質還是要落到更為具體的細分行業中,要面臨諸多的學科研究和產業轉化問題。

    在這個過程中,AlphaFold2還有哪些值得我們進一步思考的地方?生物結構學有沒有可能分化出新的細分領域?

    因此,我們為AlphaFold2準備了產學兩界最為關注的七大疑問,看完這七大疑問和20多個子問題,你將會認識到一個全新的AlphaFold2和充滿探索前景的生命學科。

    CASP競賽上的細節

    1、CASP競賽的目的、歷史

    2、AlphaFold2的“勝利”具體體現在哪些項目上?

    3、除了AlphaFold2之外,這次CASP競賽還有哪些亮點?

    蛋白質折疊預測——一場群體智慧的綻放

    1、蛋白折疊預測的主要意義和應用是什么?主要難點是什么?

    2、AlphaFold2主要在哪些技術問題上取得了突破?在哪些主要問題上還沒有?是否能區分alternative confirmation,能否區分monomer、dimer等?

    3、AlphaFold2的“勝利”不是天上掉下來的,它在算法、數據上都借鑒了此前的哪些主要結果和方法?華人科學家在中間都有哪些主要貢獻?

    AlphaFold2對結構生物學將會產生哪些影響?

    1、結構生物學的哪些方向能受益而加速突破?哪些方向會收影響而淡出?

    2、結構生物學的研究能夠怎樣幫助AlphaFold2進一步改進?

    AlphaFold2還會有哪些擴展應用?

    1、AlphaFold2能否擴展到分子動力學MDS領域?

    2、能否應用于蛋白-配體相互作用/對接, 蛋白質-蛋白質相互作用?

    3、能否應用于蛋白質設計?

    AlphaFold2的商業想象力

    1、這個突破對實際應用尤其是藥物開發的影響、意義是什么?短期能見效嗎?藥廠是不是會開始組建這方面的AI團隊?

    2、除了藥物研發,AlphaFold2還可能在哪些方面有應用?

    3、這個突破可能帶來哪些新的商業和創業機會?有沒有可能分化出新的細分領域?

    AlphaFold2的局限性

    1、AlphaFold2算法的成功主要得益于機器學習,深度學習中的哪些重要技術和突破(例如注意力機制)?如果僅靠增加算力能否進一步突破?

    2、AlphaFold2算法當前的局限性在哪里?可能有哪些改進空間?

    學術研究的未來

    1、 如果AlphaFold 不開源,學術界有沒有成立開源組織的計劃?

    2、工業界一些大公司在算法和算力方面都占有絕對優勢,那么學術研究前進的方向在哪里?對于高校中的AI研究人員有什么建議?對于生物研究人員有什么建議?

    3、工業界一些大公司在算法和算力方面都占有絕對優勢,對整個學術界的影響會是什么?如何“擺正”學術界和工業界的關系?

    12月8日上午9:30-11:00,由圖像計算與數字醫學國際研討會(ISICDM)主辦,雷鋒網、醫療AI掘金志協辦的《ISICDM-AI+蛋白質結構預測》主題論壇,將正式在線上開啟。

    講座信息

    主題:權威專家談AlphaFold:DeepMind 到底突破了什么?

    時間:12月8日,上午9:30-11:00

    主辦單位:圖像計算與數字醫學國際研討會(ISICDM)

    協辦單位:雷鋒網、醫健AI掘金志

    觀看方式&加入專家群

    關注《醫健AI掘金志》,回復關鍵詞“蛋白質”,即可加入微信群,觀看此次線上論壇,同時實時交流與提問。

    (業內首批AI+蛋白質結構預測【資深研究者討論群】)雷鋒網

    七問AlphaFold2:一場AI引發的“結構生物學”大討論

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