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    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    本文作者: 任平 2023-03-13 14:18
    導(dǎo)語:幸有艱難能煉骨,依然白發(fā)老書生。

    情不知所起,一往而深。孫之榮對清華生物系有著非同一般的感情。

    1984年,孫之榮從清華自動系轉(zhuǎn)入生物系,成為清華生物系的第一批復(fù)建教員。轉(zhuǎn)眼之間,孫之榮從意氣風(fēng)發(fā)的青年變成頭發(fā)花白的老者。

    每當(dāng)靜下來的時候,他常常回憶起那年冬天只身前往生物系的場景。

    清華大學(xué)的生物系始創(chuàng)于1926年,是我國歷史上最早的生物系之一,在二十世紀(jì)三、四十年代曾經(jīng)相當(dāng)輝煌,僅中國科學(xué)院學(xué)部委員中就有三十多人曾在這里學(xué)習(xí)或工作過,其中包括錢崇澍、陳楨、李繼侗、戴芳瀾、湯佩松、吳征鎰等。

    然而流于炮火,清華生物系不斷南遷,直到1945年后才重回北京。本以為這是一場久違的復(fù)建工作,1952年,一場全國院系調(diào)整,清華生物系所有教師、設(shè)備、以及圖書資料和生物標(biāo)本,盡數(shù)調(diào)至中科院、北大及其他兄弟院校,清華生物系又進(jìn)入了長達(dá)32年的空白期。

    光陰無情,至復(fù)系草創(chuàng)階段,諾大的清華園幾乎找不到一個生物專業(yè)的科班教師,僅剩西門旁一棟老生物學(xué)館。孫之榮那年37歲,嘆言:“一切都是白手起家、從頭開始。”

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    時至今日,孫之榮仍自評“這一步子邁得極大”。如果當(dāng)時沒有下定決心轉(zhuǎn)型,或許他一生順?biāo)欤谧詣踊I(lǐng)域成績斐然。然而命運(yùn)卻將他推向了另一條路,他便闖出了一條有數(shù)理及工程特色的生物學(xué)研究道路,與國際最前沿的生物信息學(xué)接軌,半生奔走于中國生信會議的組織宣傳與學(xué)科發(fā)展。

    一個人,一輩子,一條路,當(dāng)如此。

    奔赴清華、留校任教、投身系統(tǒng)工程

    1965年赴清華大學(xué)讀書后,孫之榮就很少再回家鄉(xiāng)。

    “父母都不在了。”孫之榮擺擺手,很小聲地說完后面幾個字,“忙,回不去了。”

    孫之榮的老家在江蘇泰州,自古有“水陸要津,咽喉據(jù)郡”之稱。孫之榮形容“船多,到哪都是坐船”。1965年8月,他便是在那里收到了清華大學(xué)錄取通知書。

    那時去北京并不容易,需先乘船到南京,再擺渡到南京浦口,最后再轉(zhuǎn)火車北上。一趟折騰下來,也要三天才能抵達(dá)。從未出過遠(yuǎn)門的孫之榮,誤選了一趟慢車,從早上晃到晚上還沒駛出江蘇。眼看報到時間逼近,他又趕緊在徐州跳上了一列特快,終于在最后一刻趕到了北京。

    大學(xué)是什么樣子?

    孫之榮記得,時任高等教育部部長兼清華大學(xué)校長的蔣南翔有一句重要口號:清華是培養(yǎng)紅色工程師的搖籃,學(xué)生要為國家建設(shè)服務(wù)。孫之榮所在的自動化系,就曾到北京鋼鐵廠、煉油廠、江蘇望亭電廠參加勞動實(shí)踐。

    而這段經(jīng)歷也讓奉獻(xiàn)祖國的想法在孫之榮心里扎下根。畢業(yè)時,絕大多數(shù)學(xué)生填寫的分配志愿都是西部、基層,孫之榮也提出愿去四川航天部的研究所、及甘肅玉門油田參加國家建設(shè)。

    令孫之榮沒想到的是,等到他1970年畢業(yè),中止了4年(1966-1969)的大學(xué)招生工作恢復(fù),隨著第一批工農(nóng)兵學(xué)員進(jìn)校,孫之榮等人被分配為留校任教。

    “大好年華,年輕人都想去祖國偏遠(yuǎn)地區(qū)闖一闖。轉(zhuǎn)念一想,留校也大有施展空間。”

    七十年代,我國外交取得重要突破,順勢制定了“四三方案”,投資約200億元人民幣,建設(shè)了26個大型工業(yè)項(xiàng)目,包含化肥、化工、鋼鐵、石油等,而孫之榮所授的“過程控制”,就與這些項(xiàng)目息息相關(guān)。

    打個比方,火力發(fā)電站需要用水蒸氣推動汽輪機(jī),汽輪機(jī)帶動發(fā)電機(jī)轉(zhuǎn)動發(fā)電,其中的關(guān)鍵是精準(zhǔn)控制水和蒸氣的界面,既不能水蒸氣過多,導(dǎo)致鍋爐燒干了,也不能全是水,導(dǎo)致動力不足,所以很多過程離不開控制,因此得名“過程控制”。

    為適應(yīng)國家工業(yè)建設(shè)和國防建設(shè)的需要,清華在70年代對自動化系進(jìn)行了重新規(guī)劃:以控制論為基礎(chǔ),培養(yǎng)能設(shè)計(jì)、運(yùn)行自動控制系統(tǒng)的專門技術(shù)人才。此外,為培養(yǎng)適合中國工業(yè)化發(fā)展的高層次人才,試點(diǎn)“清華研究生班”的兩個試點(diǎn),其一就有自動化系。據(jù)孫之榮回憶,自動化系有很雄厚的師資,常迵、方崇智、鄭維敏、童詩白、吳澄、李衍達(dá)等教授,都是其中的杰出代表。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    常迵、方崇智、鄭維敏、吳澄、李衍達(dá)

    孫之榮二十歲出頭,肩上的擔(dān)子不輕,先后帶領(lǐng)1970-1974年、1974-1978年兩屆工農(nóng)兵學(xué)員,待1978年恢復(fù)全國性高考,他又投入到了更廣泛的教學(xué)工作中。1979年,我國建成兩彈一星、三線工程、潛艇飛機(jī)以及相應(yīng)的工業(yè)體系后,清華自動化系因時制宜做出調(diào)整——將計(jì)算機(jī)系的部分教師納入學(xué)科隊(duì)伍。與此同時,已過而立之年的孫之榮也發(fā)生了重要轉(zhuǎn)變,轉(zhuǎn)向應(yīng)用空間更大的系統(tǒng)工程。

    實(shí)際上,孫之榮的這一決定已醞釀許久。

    1978年9月27日,錢學(xué)森的一篇理論文章——《組織管理的技術(shù):系統(tǒng)工程》引起巨大反響,由此創(chuàng)立系統(tǒng)工程中國學(xué)派。孫之榮對這篇文章深有感觸,“很多生產(chǎn)過程控制大多在工廠開工之前就設(shè)計(jì)好了,但系統(tǒng)化的工程設(shè)計(jì)剛剛開始,它包羅萬象。”

    孫之榮印象最深的一回是在1981年。那年他在國家外貿(mào)禮堂召開系統(tǒng)工程的普及講座,報告題目取為《系統(tǒng)工程與存儲管理》。一小時的報告話音剛落,時任國家物資總局局長快步走上前,滿含贊許地握著對孫之榮的手道,“你講得真解渴啊!”

    這位局長是為物資總局儲存的事而來。對方提到,“物資局屬于計(jì)劃經(jīng)濟(jì)的產(chǎn)物,也是我國的重要戰(zhàn)備力量,所以要妥善處理物資收儲、調(diào)用、中轉(zhuǎn)和日常管理。能不能把你的系統(tǒng)工程用在庫存管理上?”

    實(shí)際上,孫之榮最大的心愿就是把系統(tǒng)控制技術(shù)用在經(jīng)濟(jì)領(lǐng)域,兩人一拍即合,竟有一種相見恨晚的感覺。后來在他的努力下,物資存儲工作順利進(jìn)行。

    有了這次經(jīng)驗(yàn),孫之榮的所學(xué)迎來了更大的施展機(jī)會——為山西平朔安太堡露天煤礦做公司投標(biāo)的可行性論證。

    這是當(dāng)時世界最大的露天煤礦,因此選擇哪個公司開采、怎么開采,都至關(guān)重要。得此機(jī)會,孫之榮認(rèn)識了數(shù)位系統(tǒng)工程的專家:中科院系統(tǒng)科學(xué)研究所的劉源張、顧基發(fā)、甘兆熙,軍事科學(xué)院的朱松春,社會科學(xué)院的周方等教授。

    在孫之榮心中,他們都是中國的系統(tǒng)工程戰(zhàn)略科學(xué)家。這也讓他更加認(rèn)可自己的價值——一切都是圍繞國家發(fā)展大計(jì)。

    那時,孫之榮只是清華一個科教工作者,無論是年齡還是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)都是一個晚輩,他就利用一切時間做調(diào)研。白天授課后的間隙,晚上回家后的幾個小時,就連路上的時間也被他抓來用。回憶起那段時間的癡迷勁,孫之榮說,“腦袋好像一刻不停地琢磨事。”

    或許可以用一句“福禍相依”來形容,山西平朔煤礦的項(xiàng)目很快被確定為中外合資“試驗(yàn)田”,直接由西方石油公司的董事長哈默接手,孫之榮等人的前期研究因此終止。

    時隔四十年,孫之榮講起此事,還是說“多虧了幾位老大哥及時趕來為我指了出路”。

    事實(shí)上,幾位老大哥的交代很簡單,只用了一句話,“小孫,你還年輕,還有發(fā)展的余地,試試將系統(tǒng)工程和生物學(xué)聯(lián)系起來。”

    往后孫之榮曾多次談起此事,想來對他印象深刻。他說,許多事情是機(jī)遇。比如物資管理、煤礦開發(fā),他事先不知道并不知道能參與到經(jīng)濟(jì)建設(shè)中,也不可能預(yù)先去做充分的準(zhǔn)備。但就在整個過程中,他把應(yīng)該做的事做了,還完成得非常好,這樣建立起來的信任度,不是輕易能夠動搖的。

    復(fù)建生物系、騎行農(nóng)科院,結(jié)識生化界一號人物  

    從那以后,孫之榮便走進(jìn)了另一條路。

    孫之榮覺得,要對生物學(xué)問題進(jìn)行控制、信息、系統(tǒng)工程的研究,一定要深入了解生物學(xué)這個研究對象。1984年8月,孫之榮轉(zhuǎn)入清華生物系,成為該系復(fù)建后的第一批重要青年骨干。

    生物系在清華早有根基,老生物系于1926年成立,經(jīng)1952年全國高校院系調(diào)整,清華生物系分散并入北大、中科院生物研究所等,清華生物系就此中斷。直到改革開放后,趙南明等一批學(xué)者(創(chuàng)立清華生物物理研究室并擔(dān)任主任)公派出國訪學(xué),才意識到世界科學(xué)的重心正在向信息科學(xué)和生命科學(xué)轉(zhuǎn)移,此后與校長等人開始籌劃生物系的復(fù)建。

    這就是清華校史上極其重要的“1984年生物系復(fù)建”一事。

    孫之榮回憶道,復(fù)系之初,教學(xué)、科研條件十分艱苦,尤其場所是一個最難解決的問題。

    當(dāng)時僅有靠近西門的老生物館,還被改用為校醫(yī)院。而生物系想建一個細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室,實(shí)在找不到地方,只能將一間多年未使用的女廁所改建而用。而當(dāng)時生物系的兩支隊(duì)伍(生物物理和生物化學(xué)),所有教學(xué)和科研也都集中在一排面積很小的老舊平房,俗稱“36所”,因?yàn)樵摲恳欢仁强谷諔?zhàn)爭中侵華日軍的兵營。

    盡管復(fù)建之初物質(zhì)條件不盡人意,但學(xué)者們都興致高漲。

    在這支復(fù)建隊(duì)伍中,學(xué)者有三類:清華其他系轉(zhuǎn)入、兄弟院校聘入、留洋學(xué)者引入,共計(jì)三十余人。其中與孫之榮同樣從工物系、工程化學(xué)系、自動化系等轉(zhuǎn)來的學(xué)者最多,奠定了清華生物系此后的理工科基礎(chǔ)的特色。

    起初轉(zhuǎn)到生物系,孫之榮想事情簡單直接,把系統(tǒng)工程的研究對象換成生物。但沒過多久,他就發(fā)現(xiàn)不是那么一回事。

    從北大聘來的張宗炳、戴灼華、鄭昌學(xué),以及中科院生物物理所的沈淑敏,整天都是和生化、分子生物學(xué)打交道,結(jié)果每次開會討論問題,孫之榮都搭不上腔。

    對他而言,生物問題更復(fù)雜,也沒有建立可描述的物理模型,能不能走進(jìn)生物學(xué)的大門還不是定數(shù),何談結(jié)合系統(tǒng)工程?

    孫之榮忽然想起,1984年建系初趙南明曾在清華工字廳的一番講話,“近親繁殖必然為自然選擇所淘汰,遠(yuǎn)緣雜交才具有頑強(qiáng)的生命力,人才培養(yǎng)和科學(xué)研究都是如此。”時隔數(shù)月,孫之榮對這句話深有體會,“要保持我過去的自動化特色,擴(kuò)大研究領(lǐng)域,凡是能做量化研究的都去試一試。”

    此時的生物學(xué)界,一場小麥優(yōu)良育種研究正進(jìn)行得轟轟烈烈。

    北京農(nóng)林科學(xué)院植物細(xì)胞工程學(xué)專家胡道芬,一度將優(yōu)良小麥的育種期從8-10年縮短為2-4年。但這一做法也暴露出重大問題——育苗率太低,只有4%左右。

    孫之榮察覺到,或許這正是系統(tǒng)工程技術(shù)的用武之地。

    簡單來說,如果將影響小麥育種的所有因素考慮在內(nèi),就能精確得知小麥育種數(shù)、小麥品種譜系圖、親緣關(guān)系圖,從而推導(dǎo)出育種模型,提高育苗率。

    1985年到1987年,孫之榮經(jīng)常騎著一輛自行車去往北京當(dāng)?shù)氐霓r(nóng)科院。孫之榮把自己當(dāng)做一名學(xué)生,凡是模棱兩可的問題就去查清楚。當(dāng)時小他幾歲的中國農(nóng)科院作物遺傳育種專家李梅芳,就曾多次提供指導(dǎo)和合作。

    從饑荒年代走過的人,糧食安全成為他們刻在骨子里的本能。功夫不負(fù)有心人,育苗率從最初的4%提高到23%,最終達(dá)到54%。這個數(shù)字出來之后,農(nóng)科院現(xiàn)場瞬間喧嘩起來,李梅芳當(dāng)即鼓勵孫之榮向《植物學(xué)報》發(fā)論文。

    那時孫之榮38歲,正是需要文章的時候。但他怎么也沒想到,兩個月后,他等來的卻是“未通過”的消息。他又騎上自行車,親自去找編輯問個清楚,原因竟是“沒法評審,老編輯不懂什么生物工程的新技術(shù)”。

    但經(jīng)此一事,孫之榮在生物系引起了不小的反響。

    1987年,時任清華生化教研室主任的鄭昌學(xué)找到孫之榮,他早就發(fā)現(xiàn)孫之榮數(shù)理思維靈活,這次帶來了一本英文版的《現(xiàn)代生物學(xué)導(dǎo)論》,建議孫之榮將這本書中的生化選擇題程序化,做成多媒體課件。

    如此一來,不僅能給學(xué)生考試,還能用作教師們備課,尤其是能讓生物系多學(xué)科背景的教師們走動起來。

    八十年代末,中國還未流行多媒體輔助教學(xué),孫之榮的這套教材十分搶手,甚至被清華之外的諸多高校所引用。清華生物系順勢召開了一個“教學(xué)軟件鑒定會”,邀請了各大高校生物專家,一起討論如何完善課件。

    會議比想象中還要受歡迎,在場所有人甚至能就一個細(xì)節(jié)問題討論得熱火朝天。等到會議結(jié)束,一個人遲遲沒走,這個人就是當(dāng)時被視為“國內(nèi)農(nóng)業(yè)生化界的一號人物”——閻隆飛院士。

    實(shí)際上,閻隆飛與清華生物系有著不解之緣。他是該系回遷北京的第一屆研究生(1946年),也是當(dāng)年植物生理學(xué)部招收的唯一一名學(xué)生,畢業(yè)后便在北京農(nóng)業(yè)大學(xué)(現(xiàn)中國農(nóng)業(yè)大學(xué))的任教,清華生物系復(fù)系之初還做過一段時間的兼職教授。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    閻隆飛

    他把孫之榮叫到一邊,“我看你計(jì)算機(jī)思維挺好的,現(xiàn)在國際上蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模擬和預(yù)測大熱,你在這里面大有可為。”

    數(shù)年之后,孫之榮順利加入科技部“863蛋白質(zhì)工程”中,成為中國理論生物物理隊(duì)伍中的重要一員。

    如今回憶起三十多年的那一幕,孫之榮仍然動容,“我這一生遇到了很多貴人,閻先生是重要一位,不斷促使我往生物學(xué)路上靠。完全憑自己摸索也可以,但是有個人點(diǎn)撥一下,就要快得多。”

    時間一晃到了九十年代,此時的孫之榮望向中國學(xué)術(shù)陣地,早已不只是清華一脈,而是遍布全國各地,有:內(nèi)蒙古大學(xué)羅遼復(fù)(物理出身)、中科院生物物理所陳潤生(生物物理出身)、北京大學(xué)來魯華(化學(xué)出身)、天津大學(xué)張春霆(物理出身)、中科大施蘊(yùn)渝(生物物理出身)、上海生化所丁達(dá)夫(數(shù)學(xué)出身)、云南大學(xué)昆明動物所劉次全(生物物理出身)、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)科院吳加金(生物物理出身)等。(下篇將推出《羅遼復(fù)篇》,歡迎添加作者微信搶鮮交流,微信號:icedaguniang)

    這群當(dāng)時平均年齡不到五十歲的學(xué)者,即將推動中國生命科學(xué)進(jìn)入一個新的主題——生物信息學(xué)。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    羅遼復(fù)、陳潤生、來魯華、張春霆、施蘊(yùn)渝、劉次全、丁達(dá)夫

    群賢畢至,生物信息學(xué)的“黃金歲月”

    九十年代,波詭云譎,群賢畢至。

    吳旻院士(曾經(jīng)任國家自然科學(xué)基金委生物學(xué)部主任)積極宣傳生物信息學(xué),他纏著繃帶答辯,啟動中國人類基因組計(jì)劃;陳潤生等積極與國際生物學(xué)家聯(lián)系,首次引入生物信息學(xué)課程;楊煥明等人創(chuàng)立華大公司,推動中國科研與國際 HGP 接軌。這段精彩故事,請查看《陳潤生院士:中國生物信息學(xué)啟蒙、傳承的三十年「大江大河」》。歡迎添加作者微信(微信號:icedaguniang)

    1997年,兩位在數(shù)理科學(xué)領(lǐng)域成績卓著的科學(xué)家轉(zhuǎn)入生信,一位是郝柏林、另一位是李衍達(dá),則直接將中國生物信息學(xué)研究推向高潮。

    陳潤生院士曾對雷峰網(wǎng)表示,他們的加入之所以被稱為“重要”,“一是分別時任中科院理論物理所所長、清華自動化系主任(現(xiàn)信息學(xué)院),他們帶來的大批學(xué)術(shù)骨干,壯大了生物信息研究隊(duì)伍;二是彼時他們已當(dāng)選中國科學(xué)院學(xué)部委員(院士),很大程度上代表了學(xué)術(shù)風(fēng)向,激發(fā)學(xué)界對生信研究的興趣。”

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    李衍達(dá)、郝柏林

    與此同時,孫之榮已經(jīng)有過一年的國外訪問經(jīng)歷,師從著名的皇家學(xué)會院士,英國倫敦大學(xué)Birkbeck College的Tom Blundell教授,不僅對生物信息學(xué)有了更深入的了解,也開闊了國際視野。

    1997年,借著這股東風(fēng),李衍達(dá)、孫之榮結(jié)合自動化系、生物系兩系之長,成立了國內(nèi)第一所跨院系的“生物信息學(xué)研究所”。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    孫之榮與Tom Blundell教授

    事實(shí)證明,研究所一經(jīng)成立就如同樹立了一面旗幟,附近高校乃至于全國的零散學(xué)術(shù)力量都,就像擁有了主心骨似的自動凝聚,為此后召開生信學(xué)術(shù)活動奠定了深厚基礎(chǔ)。

    1998年,國內(nèi)首屆以“生物信息學(xué)”命名的研討會,就在清華圖書館的學(xué)術(shù)報告廳內(nèi)召開。

    孫之榮稱,早期小范圍辦會只取了一個“華北地區(qū)生物信息學(xué)研究會”的名字,清北、中科院、天津、內(nèi)蒙古多地共50名教授予以支持,諸如,天津大學(xué)張春霆院士、中科院生物物理所陳潤生院士,王志新院士、中科院理論物理所郝柏林院士,鄭偉謀研究員、內(nèi)蒙古大學(xué)羅遼復(fù)教授、北京大學(xué)的來魯華教授等人。

    而這次會議現(xiàn)場,還有一位特別的人,他就是時任清華科技處處長的龔克。

    龔克世家治學(xué),其父龔育之是中央黨校的哲學(xué)工作者,是我國科學(xué)技術(shù)哲學(xué)和相關(guān)學(xué)科的奠基人之一,其母孫小禮更是書香門第,上至祖父都與北大有著不解的緣分。龔克的出現(xiàn),無疑代表了清華整體以及中國學(xué)術(shù)圈對生信這一新興交叉學(xué)科的支持。

    孫之榮等人躊躇滿志,籌備全國生信大會的心愿變成一種迫切。

    時下放眼全球,生命科學(xué)領(lǐng)域的火熱程度可以用“新大陸”形容。幾乎所有的全球大型制藥公司做出重點(diǎn)部署,摩托羅拉、日立、佳能、惠普、IBM等科技公司多有涉足。就我國而言,彼時也有近30家科研機(jī)構(gòu)涉及基因芯片。新世紀(jì)之初,基因組學(xué)一越成為“世界十大科技”榜首。

    時局促動,孫之榮敏銳察覺,“此時正是召開全國生信大會的最佳時機(jī)。”

    等辦會公文正式下發(fā),北京多家相關(guān)企業(yè)和機(jī)構(gòu)紛紛前來報名承辦,時任北京市生物醫(yī)藥中心主任的雷霆親自找到孫之榮,不僅愿意出面組織會議,還要提供經(jīng)費(fèi)支持。2000年8月,第一屆全國生物信息學(xué)大會在軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院召開。

    與1998年的華北會議相比,孫之榮明顯感覺到生信的發(fā)展更通暢了,會議現(xiàn)場也異于火爆。

    “軍事醫(yī)學(xué)院校可容納四百多人的大廳座無虛席,連過道和前后四個門口全都站滿了人,說連落腳的地方都沒有都不夸張。”

    沒辦法,孫之榮和負(fù)責(zé)舉辦的賀福初、吳加金決定中途清場,以便讓那些有“合法身份”(提前報名)的人得以入座,其他慕名而來者“見縫插足”。

    值得一提的是,為了籌辦這次會議,孫之榮還特意邀請了兩位上海學(xué)者--丁達(dá)夫、趙國屏。他們在“863”項(xiàng)目中就與孫之榮結(jié)識,彼時都發(fā)展為上海生物信息學(xué)中心的中堅(jiān)力量。

    因此,對于他們的到來,孫之榮明顯還有一層深意,借機(jī)促進(jìn)北京上海兩地的生信交流。

    2001年9月,北京大學(xué)理論生物學(xué)中心(現(xiàn)為“北京大學(xué)定量生物學(xué)中心”)正式成立,重要成員有來魯華、佘振蘇、湯超、歐陽頎等人。

    2002年,第二屆全國生信會議便在北大舉辦。李衍達(dá)與孫之榮所建的“清華生物信息研究所”,也在2002年6月發(fā)展為國內(nèi)首家部屬“生物信息學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”,吸引了來自生物系、自動化系、計(jì)算機(jī)系,物理系等學(xué)者的加入。而這也意味著,生物信息學(xué)正式從高校走向更大領(lǐng)域。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路


    孫之榮自1996年開始指導(dǎo)博士生,博士畢業(yè)答辯合影

    孫之榮稱,自己的學(xué)術(shù)研究也正是從那時豐富起來。

    他將機(jī)器學(xué)習(xí)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、亞細(xì)胞定位、AK-STAT的計(jì)算系統(tǒng)動力學(xué)模擬、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)、復(fù)雜疾病系統(tǒng)生物學(xué)等方面,僅十篇論文共被引近5000次,其中一篇發(fā)表在《生物信息學(xué)雜志》的論文,單篇引用達(dá)1000多次。

    蔡祿(現(xiàn)任內(nèi)蒙古科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院院長)是孫之榮的博士后,曾在80年代師從內(nèi)蒙古大學(xué)物理系羅遼復(fù)教授,2000年后來到清華,與孫之榮朝夕相處了整整兩年。說起自己走上生信道路的緣由,他直言,自己正是被孫之榮的論文吸引而來,“他身上有一種多學(xué)科結(jié)合起來的秩序感。”

    非典爆發(fā)、小人作怪,學(xué)會申請路難競   

    眼看生信發(fā)展逐步走上正軌,2002年11月初,非典爆發(fā)。

    2003年5月北京成為疫情重災(zāi)區(qū),第三屆全國生信大會也因此泡湯,這一停就是六年。

    實(shí)際上,這一時期國內(nèi)外生信發(fā)展正如火如荼,四個HGP姊妹項(xiàng)目和Sc2.0項(xiàng)目于2003年啟動,美國高校也普遍開設(shè)生物信息學(xué)系,國內(nèi)團(tuán)隊(duì)不僅積極參與了這些項(xiàng)目,還斥巨資建立了基因組測序的基礎(chǔ)設(shè)施,在水稻、蠶和熊貓等多個領(lǐng)域和物種上取得了許多發(fā)現(xiàn)。

    毋庸置疑,有了這些項(xiàng)目實(shí)踐,中國已是基因組測序領(lǐng)域的全球公認(rèn)參與者,也更迫切與國外學(xué)者進(jìn)行生信交流。

    2003年11月,在中科院數(shù)學(xué)所陸汝鈐院士的盛邀下,徐鷹回國舉辦“國際生物信息學(xué)研討會”(IBW)總算補(bǔ)上了缺口。這段故事請看《90年代「最好基因測序算法」發(fā)明人徐鷹:AI生命科學(xué)的30年快意人生》。歡迎添加作者微信(微信號:icedaguniang)

    徐鷹曾言,為了首屆國際會議,各邀請了國內(nèi)外十位教授,但幾天會議下來大家都有點(diǎn)意猶未盡的感覺,孫之榮見狀提議,“不如辦成系列會議,下屆會議就由清華舉辦。”由此,每兩年一屆的高校輪辦傳統(tǒng)沿襲開來。

    此后,我國從事生物信息學(xué)的個人和團(tuán)隊(duì)迅速增加,例如哈爾濱醫(yī)科大學(xué),2004年3月正式批準(zhǔn)成立了國內(nèi)首個生物信息學(xué)系,李霞為系主任,郭政為副主任,2007年又在該系的基礎(chǔ)上率先成立國內(nèi)首家“生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院”。

    陳潤生曾評價,“沒想到在中國的東北角竟有隱藏著如此進(jìn)展。”

    2008年,孫之榮、陳潤生、郝柏林三人一致決定:重啟全國生信大會,成立中國生信一級學(xué)會,兩件事要同時進(jìn)行,刻不容緩。

    然而時過境遷,六年里不少產(chǎn)企頭目偷梁換柱,巧借生信招牌盈私利,等到孫之榮等人想要重啟大會時,竟無端生出諸多枝節(jié)。

    無奈之下,孫之榮找到中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會,只好將“中國生信學(xué)會”掛靠于該組織之下。有了這塊“牌子”,孫之榮總算舒了一口氣,至少不耽誤辦會。但他沒想到的是,這個問題僅僅只是冰山一角。

    2014年10月,第六屆生信大會在江蘇舉辦,孫之榮對這屆會議印象深刻,因?yàn)榇舜螘辖ǔ伞耙患墝W(xué)會”的呼聲很高。為此,孫之榮逐一拜訪了九位院士(張春霆、李衍達(dá)、陳潤生、郝柏林、強(qiáng)伯勤、沈巖、楊煥民、歐陽中燦、歐陽頎),希望爭取他們的聯(lián)名支持。

    兩個月后,孫之榮舉著半臂高的材料去往科協(xié),本以為能在新年到來前辦成此事,卻在科協(xié)向外征詢意見時受阻,聽口風(fēng)得知,有好事者在背后說了壞話,聲稱生物信息學(xué)缺乏自身理論體系。

    爭執(zhí)在所難免,但這一污名太過牽強(qiáng)。反復(fù)拉扯了兩年后,2016年,中國科協(xié)終于寫下“同意成立”四個字。

    但此事遠(yuǎn)沒有結(jié)束,民政部登記注冊環(huán)節(jié)又被再度擱淺。時至今日,民政部以《社會組織登記管理?xiàng)l例》修訂、領(lǐng)導(dǎo)班子更換為由,導(dǎo)致學(xué)會申請成為公認(rèn)的“遺留問題”。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    2015年清華生物計(jì)算30周年,生物信息20周年,孫之榮(居中)與實(shí)驗(yàn)室部分畢業(yè)研究生留影

    當(dāng)然也并非沒有好消息。

    2016年,中國科協(xié)審批通過后,為了能夠開展各種學(xué)術(shù)活動,科協(xié)領(lǐng)導(dǎo)指示:同意中國生信學(xué)會采取“籌建”形式,保證正常的學(xué)術(shù)交流。而孫之榮也多了一個頭銜--“候任”理事長。

    如今,盡管中國生信學(xué)會仍頂著籌建的帽子,卻已經(jīng)有了實(shí)質(zhì)性進(jìn)展,16個專業(yè)委員會相繼成立,全國16個省市也成立了地方生信一級學(xué)會。

    在前不久的第11屆生信大會上,有人問孫之榮,為何一定要堅(jiān)持舉辦中國生物信息學(xué)大會,甚至可能犧牲個人學(xué)術(shù)和事業(yè)。

    孫之榮百感交集,實(shí)際上這個問題他已經(jīng)問過自己無數(shù)次。

    他緩緩答道:“個性化的自由探索很重要,但在新的形勢下,各種高維數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、學(xué)科深度交叉、科學(xué)和技術(shù)的協(xié)同演變,迫切需要我們大家一起有組織的科研和攻關(guān),系統(tǒng)解決國家和人民關(guān)心的重大問題。”

    換句話說,這是屬于孫之榮的人生命題。

    半生奔波,不虛此行

    回望七十余載歲月,孫之榮給自己評了個“不虛此行”。

    2020年9月27日,第九屆全國生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)學(xué)術(shù)大會,孫之榮從主持人手中接過了“中國生物信息學(xué)終身成就獎”的獎杯和榮譽(yù)證書。

    很多人不清楚,孫之榮的一生沒有院士頭銜,因此,“終生成就獎”幾個字的分量已經(jīng)相當(dāng)重。

    實(shí)際上,這一榮譽(yù)是中國生物信息學(xué)學(xué)會(籌)頒發(fā)的首批中國生物信息學(xué)終身成就獎,獲獎?wù)呔鶠槲覈镄畔W(xué)研究領(lǐng)域的開創(chuàng)者,表彰他們?nèi)〉玫闹匾獙W(xué)術(shù)成就和為我國生物信息學(xué)發(fā)展作出的巨大貢獻(xiàn)。其他五位獲獎人為陳潤生院士、郝柏林院士、李衍達(dá)院士、羅遼復(fù)教授、張春霆院士。

    作為幾人中最年輕的學(xué)者,孫之榮也已經(jīng)年過七旬。在他看來,這是同行對自己以往教學(xué)、科研工作的肯定,也是對自己多年來組織生信會議的認(rèn)可。

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    在與雷峰網(wǎng)的對話結(jié)束之時,孫之榮教授似乎在回望自己的人生以及并肩前行的伙伴。

    他說,“羅遼復(fù)遠(yuǎn)在內(nèi)蒙,張春霆、李衍達(dá)先生也年事已高,郝柏林已經(jīng)走了,但我和潤生站在那,為的就是要把生物信息學(xué)的脈絡(luò)延續(xù)下去。”

    中國生信學(xué)科「鋪路人」孫之榮:90年代群英傳和一段艱辛的學(xué)科發(fā)展之路

    作者注:

    自中國參與人類基因組計(jì)劃以來,生物信息學(xué)科迎來大爆發(fā)。

    在近三十年的時間里,一大批生物、化學(xué)、物理、計(jì)算等專業(yè)的學(xué)者,前仆后繼加入到學(xué)科的產(chǎn)研建設(shè),那是一個靈感迸發(fā)、情誼綿長的年代,也是一個走出質(zhì)疑、迷茫的年代。

    目前,雷峰網(wǎng)(公眾號:雷峰網(wǎng))啟動《生物信息學(xué)的三十年往事》專題,將陸續(xù)推出 陳潤生、孫之榮、羅遼復(fù)、張春霆 等老一輩學(xué)者的人物故事,記錄光輝歲月,以照后人之路。

    本文作者吳彤關(guān)注生物信息學(xué)、AI制藥、醫(yī)療機(jī)器人,歡迎添加作者微信(微信號:icedaguniang)交流。

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